Pada tahun 1998, Indonesia memasuki fase krisis keuangan dan sosial yang parah. Berbagai kelompok masyarakat dari Bali berkumpul untuk mendiskusikan cara terbaik dalam menyediakan bantuan sebagai bentuk respon.

Kelompok tersebut membahas tantangan yang semakin besar yang dihadapi masyarakat Indonesia dan melakukan evaluasi terhadap sumber daya alam dan manusia yang ada secara nasional. Mereka berfokus untuk memfasilitasi program Lembaga Swadaya Masyarakat (LSM) di sebanyak mungkin wilayah di Indonesia melalui 'Training of Trainers' dalam Desain Permakultur. Pelatihan ini memberikan organisasi pemahaman dan sarana untuk membantu komunitas lokal menyediakan makanan, tempat tinggal, energi dan kebutuhan lainnya dengan cara yang berkelanjutan dan ramah lingkungan.

This Training is the forerunner of the IDEP establishment in 1999, the organization’s focus on the implementation of permaculture as an alternative solution to the financial crisis. Over time, IDEP foundation try to provide assistance to communities related to permaculture and sustainable living that helping communities in establishing their independence.

Pada tahun 2002, Bali mengalami tragedi kemanusiaan yang lebih dikenal dengan Bom Bali yang mana peristiwa tersebut menyadarkan IDEP sebagai organisasi akan pentingnya kesiapsiagaan bencana bagi masyarakat. Belajar dari situasi yang terjadi, IDEP menyusun buku pegangan Penanggulangan Bencana Berbasis Masyarakat sebagai titik awal lahirnya Program Penanggulangan Bencana dan Pengurangan Risiko Bencana hingga saat ini.

Dinamika organisasi yang terjadi menjadikan IDEP sebagai organisasi lokal untuk belajar dan mengeksplorasi kehidupan yang lebih berkelanjutan baik terkait permakultur maupun pengurangan risiko bencana. Sampai saat ini, IDEP tetap fokus pada kedua isu tersebut dengan inovasi yang membangun keberlanjutan, transparansi, dan akuntabilitas organisasi.